Hallo !
was genau passiert kann ich nicht sagen, habs nicht probiert 
Such hier mal im Forum nach den stichworten Digital und Analog und oder TRennwippen auch mal über google, es gibt da gute Seiten miit Erklärungen. Genaue Gründe kann ich dir gereade nicht nennen, aber das ist seitens Märklin bereits so -hätte fast gesagt vorgeschrieben.
Bei Loks mit zwei Schleifern besteht natürlich das Problem, dass diese eine Überbrückung zwischen den Stromkreisen herstellen, also quasi wie der Schleifer ohne Trennwippe. Wenn die Wagenschleifer nicht miteinander verbunden sind, laufen die gesondert über die Trennwippe und dann sollte alles gut sein.
Das Problem mit der Entgleisung besteht immer, lässt sich aber auf 0 reduzieren, wenn du die Wippe auf einem geraden Gleis einbaust und gute Gleise nimmst.
Ich hab an dem PRojekt vor ca. 6 Jahren gearbeitet. Die Ausleuchtung mit Dioden im Stellwerk diente auch der Sicherheit, dass ich nicht ohne Trennwippe die Trennstellen überfahren. Das war Ergebnis meiner damaligen Recherchen. Aber ich weiß wirklich nicht mehr wo ich das alles im Netz nachgelesen habe. ICh hab´s jedenfalls ergoogelt.
Ein Mischbetrieb ist bei Planung also mit Einschränkungen möglich. Die Loks mit zwei Schleifern kann man beispielsweise vor einem Signal analog anhalten, dann die Fahrspannung auf Digitalstrom umschalten, Signal auf grün und alles ist gut. BEi einem ICE mit zwei Schleifern musst du halt das Gleis zweimal trennen, einmal der Haltebaschnitt und dann der Abschnitt für den Rest des Zuges und dann über einen gemeinsamen Kippschalter umschalten.
Wie gesagt, ich würde mir die Arbeit nicht mehr machen. ICh baue die alten Loks lieber auf einen alten Deltadecoder um, also Umschalter rraus, decoder rein. Du hast zwar 0 Funktionen, aber es spart diesen irren Technikaufwand.
Sinnvoller ist deine Idee mit getrennten Strecken. Es bestehen ja keine Bedenken Übergabestellen mit Trennwippe zu bauen, beispielsweise für ein gemeinsames BW (das sollte dann Anlaog sein), oder ein umschaltbares Gleis, um Zuggarnituren zu tauschen.
ICh hatte das übrigens auch so geregelt, dass ich die Abstellgleise von anlaog auf digital umschalten konnte, also Lok analog ins abstellgleis rein (über die Trennwippe), anhalten, Lok auf der 6021 aufrufen, auf Null stellen, Fahrstrom umschalten, dann Funktionen wie Rauch und Licht an.
Hat funktioniert!
Vielleicht stellst du mal einen Plan deiner Anlage mit der Problemstellung ins Digitalforum, hier gibt es genug Leute, die mehr Ahnung haben, die können dann vielleicht auch etwas zur Technik beitragen, beispielsweise eine elektronische Umschaltung der Abschnitte.
ICh werd nochmal unter google nach ein paar Links für dich suchen.
Beste Grüße
René