Hallo Heinz,
die von dir genannten Programme sind m.E. für unterschiedliche Aufgaben gedacht. Ich versuche es mal grob einzuordnen:
Das LocoNet-Tool soll in erster Linie helfen, die LNCV-Einstellungen bei bestimmten Uhlenbrock-Komponenten vorzunehmen. Das geht grundsätzlich auch "zu Fuß" mit die IB II (s. LNCV-Programmierung), den jeweiligen Anleitungen und einer eigenen Liste der eingestellten Werte. Das Loconet-Tool kann dir also in manchen Fällen etwas Tipparbeit abnehmen, aber in erster Linie nur bei Uhlenbrock-Komponenten, die auch einen LocoNet-Anschluss haben.
Außerdem kann man die Einstellungen der einzelenen Komponenten natürlich abspeichern und zurück laden. Über den LocoNet-Monitor kann man zudem sichtbar machen, welche Befehle gerade ins LocoNet gesendet wurden. Das kann es bei der Fehlersuche helfen, wenn man es zu lesen versteht. Wie du sonst schon richtig vermutet hast, ist es eher für die Einstellung der Uhlenbrock-Hardware gedacht...
Mit TrainProgrammer und TrainController hatte ich persönlich jetzt noch nicht viel tun, aber von der Programmbeschreibung her hilft TrainProgrammer in erster Linie bei der Einstellung der Lokdecoder. Auch das geht natürlich "zu Fuß" mit der IB II, kann über TrainProgrammer aber wahrscheinlich etwas übersichtlicher sein. Außerdem hat man auch hier wieder die Möglichkeit, einmal gemachte Einstellungen abzuspeichern und zurück zu laden - statt in eigenen Listen zu verwalten.
Mit TrainController kannst du dann deine komplette Anlage über den Computer steuern und automatisieren, also quasi als Alternative zur Handsteuerung oder sonstiger automatischer Steuerung ohne PC. Hier muss jeder selbst überlegen, wo er seine Präferenzen hat.
Grundsätzlich kann man aber sagen, dass die Anlage schon fehlerfrei digital steuerbar sein sollte (fahren, schalten, (rück)melden), bevor man sich dem Kapitel "Steuerung über Computer" widmet. Allerdings können die unterschiedlichen Automationsprogramme auch unterschiedliche Anforderungen z.B. an Rückmeldeabschnitte haben. Es macht also Sinn sich zumindest schon mit diesem Teil vorher einmal zu beschäftigen...
Meine persönliche Erfahrung ist, dass die konkreten Fragen und Probleme beim "selber machen" kommen und "der Teufel in Detail steckt".
Du machst also -denke ich- nichts verkehrt, wenn du zu Anfang Weichen und Rückmelder über die IB II einstellst und dich dann in Schritten hocharbeitest. Bei den Rückmeldern kannst du dir z.B. auch über die IB II anzeigen lassen, ob alles richtig funktioniert. So versteht man Stück für Stück einzelne Zusammenhänge der digitalen Welt. Auch hilft es manche Antworten in diesem oder anderen Foren besser einordnen, die ansonsten mehr verwirren als helfen können.
Das Wichtigste dabei ist, das man "Spaß" an der digitalen Welt hat und sich nicht entmutigen lässt, wenn es nicht auf Anhieb funktioniert...